Préparer les séquences
Importez un assemblage FASTA ou des lectures FASTQ. Le contrôle qualité et l’assemblage interviennent pour les lectures.
FastQC · fastp · MultiQC · SPAdesBIO-INFORMATIQUE · RECHERCHE
Explorer les séquences.
Éclairer la résistance.
MEGAM ARG Detection réunit un parcours d’analyse pour rechercher des déterminants génétiques de résistance aux antimicrobiens, à partir de vos séquences.
FASTA & FASTQCalcul sur votre ordinateurRapports consultables hors connexion
DE LA SÉQUENCE AU CONTEXTE
LIRE · ASSEMBLER · ANNOTER
Déterminants de résistanceAnnotations · contexte · provenance
Schéma du parcours — aucune donnée d’échantillon représentée.
Vos données. Votre ordinateur.Téléchargez l’application et les bases, puis réalisez vos analyses localement.Comment commencer
COMPRENDRE MEGAM
Un parcours commun,
des résultats à examiner.
La chaîne disponible relie le contrôle qualité, l’assemblage lorsque nécessaire, la classification taxonomique, l’annotation, le typage et la détection avec AMRFinderPlus.
Elle est destinée à l’étude de séquences d’isolats. Les sorties des outils et leur provenance accompagnent les résultats pour permettre leur examen scientifique.
Version de recherche en préparation. La présence d’un déterminant génétique ne constitue pas, à elle seule, une conclusion de sensibilité ou de résistance clinique.
LE PARCOURS D’ANALYSE
De vos fichiers aux rapports.
Décrire le génome
Examinez la taxonomie, les métriques d’assemblage, les annotations et le typage de l’isolat.
Kraken2 · seqkit · QUAST · Prokka · MLSTExplorer les déterminants
Consultez les détections AMRFinderPlus et les rapports, en conservant le contexte et la version des références.
AMRFinderPlus · rapports · fichiers sourcesTÉLÉCHARGEMENTS
Choisissez votre environnement.
Les liens seront ouverts au fur et à mesure de la préparation et de la validation des distributions.
Windows
Candidat x64
Un candidat installable a été testé localement. La validation sur un Windows propre reste à effectuer.
Validation en coursInstallateur candidat : 364 Mo
Linux
Distribution à préparer
La chaîne est utilisée dans l’environnement de développement. Un paquet destiné aux chercheurs reste à préparer.
Pas de paquet publicFormat et prérequis à préciser
macOS
Distribution à étudier
Aucun installateur macOS n’est proposé à ce stade. Le portage et les essais sur cette plateforme restent à réaliser.
Non disponibleCompatibilité à établir
Aucun téléchargement public n’est encore activé sur cette première version du site.
LES RÉFÉRENCES BIOLOGIQUES
Cinq bases, un paquet local.
12,76 GoTaille des fichiers du paquet actuel, hors archive
L’application et les bases sont distribuées séparément. Les bases sont ensuite importées depuis l’interface de MEGAM et utilisées sur votre ordinateur.
| Base | Rôle dans l’analyse | Référence du paquet actuel | Taille |
|---|---|---|---|
| Kraken2 | Classification taxonomique | minusb_11gb · copie locale inventoriée | 10,959 Go |
| Prokka | Annotation des gènes et protéines | annotation_arg · copie locale inventoriée | 1,356 Go |
| AMRFinderPlus | Déterminants de résistance, de stress et de virulence | 2025-07-16.1 | 250 Mo |
| MLST / PubMLST | Typage par profils alléliques | Copie locale inventoriée | 191 Mo |
| Barrnap | Détection des ARN ribosomiques | Modèles HMM · copie locale inventoriée | 3,14 Mo |
BIEN DÉMARRER
Installer une fois.
Analyser localement.
Une connexion sert à obtenir les fichiers. Une fois l’application et les bases installées, les analyses s’effectuent hors connexion.
- 1
Installer MEGAM
Choisissez le paquet correspondant à votre système, lorsqu’il est disponible.
- 2
Télécharger et importer les bases
Récupérez le paquet complet, extrayez-le, puis sélectionnez le dossier des bases dans l’application.
- 3
Ouvrir vos séquences
Sélectionnez vos FASTA ou FASTQ et consultez les ressources disponibles avant de lancer une analyse.
VERSIONS & MISES À JOUR
Des références identifiables.
Cette rubrique accueillera les nouvelles distributions, les versions des bases et leurs notes de changement. Aucun système de mise à jour automatique n’est actuellement annoncé comme disponible.
Préparation du site
Premier catalogue
Présentation de MEGAM et inventaire du candidat local du 14 octobre 2026. Les téléchargements publics ne sont pas encore ouverts.
QUESTIONS FRÉQUENTES
Avant de commencer.
Mes séquences sont-elles envoyées au serveur ?
Dans l’architecture retenue, le serveur distribue l’application et les bases. Les analyses et les séquences restent sur votre ordinateur.
Faut-il rester connecté pendant une analyse ?
Non. Après installation de l’application et import des bases nécessaires, le calcul est local et peut être effectué hors connexion.
Quel espace disque et quelle mémoire prévoir ?
Le paquet actuel de bases occupe environ 12,76 Go après extraction. Prévoyez en plus l’application, les téléchargements, les données, les fichiers temporaires et les résultats. La mémoire et l’espace de travail nécessaires dépendent de l’analyse ; les prérequis définitifs accompagneront chaque distribution.
Les résultats permettent-ils une décision thérapeutique ?
MEGAM est un outil de recherche. Les détections génétiques demandent une interprétation scientifique et ne remplacent pas une évaluation clinique ni un antibiogramme.